Lara
Croft, célèbre aventurière et archéologue
britannique, vient d'accepter de venir en aide à
Jacqueline Natla, riche PDG d'une multinationale de
technologie. Lara se rend donc au Pérou accompagnée
d'un guide pour trouver la célèbre cité de
Vilcabamba et ainsi mettre la main sur le Scion des
Atlantes. Tous deux marchent sous la neige pendant
un bon moment jusqu'à trouver de très grandes
portes. Lara se débrouille pour mettre en marche le
mécanisme qui les ouvre ce qui libère une meute de
loups qui s'en prennent au guide péruvien. Du haut
des portes, Lara s'élance vers le sol et tue un à un
les loups afin de venger ce pauvre guide. Elle doit
maintenant continuer ses recherches seules en
s'aventurant dans les cavernes.
Lara
explore chaque recoin des cavernes, se débarrassant
sans trop de difficulté des chauves-souris, loups et
ours et finit par atteindre la cité de Vilcabamba.
Découvrant clés et indices sur son chemin, Lara
accède rapidement à la Vallée Perdue, où elle trouve
trois engrenages lui permettant de stopper l'eau qui
s'écoule de la cascade, cela libère un passage
qu'elle emprunte et entre dans le mythique tombeau
de Qualopec. Après avoir affronté loups et
vélociraptors, elle découvre enfin le Scion des
Atlantes. Elle ressort du tombeau, triomphante,
jusqu'à ce qu'elle aperçoive Larson, l'un des hommes
de main de Natla qui tente de la tuer. Elle dégaine
et le désarme pour l'interroger. Il lui apprend que
Natla s'est servi d'elle pour récupérer seulement
l'un des fragments du Scion et a déjà envoyer un
autre homme chercher le second : Pierre DuPont. Il
n'en sait pas plus et blessé, essaie de sauter dans
la direction de son arme. Lara l’assomme d'un coup
de pied retourné et se met en route pour les bureaux
de Natla.
Elle
s'infiltre dans les bureaux de « Natla
Technologies » en pleine nuit, et fouille les
tiroirs afin de connaître sa prochaine destination.
Elle y trouve le vieux journal d'un moine, où
celui-ci raconte qu'une rumeur parmi ses frère
prétend que sous le monastère de St Francis se
trouverait le tombeau du second souverain de
l'Atlantide, Tihocan, et qu'il aurait gardé avec lui
son fragment du Scion. Lara se rend immédiatement à
St Francis, où elle trouve devant la porte du
monastère, une boîte de haricots en conserve
appartenant à Pierre. Pas de doute, elle est sur la
bonne voie.
Lara
s'enfonce dans le Monument St Francis où elle y
résout plusieurs énigmes lui permettant de
progresser vers son but. Elle affronte à plusieurs
reprises Pierre DuPont qui, on ne sait pourquoi,
finit toujours par fuir. Elle traverse le Colisée,
le Palais de Midas, puis la Citerne lui permettant
enfin d'atteindre l'entrée du tombeau de Tihocan,
protégée par deux centaures qu'elle élimine. A
l'intérieur du tombeau, elle trouve Pierre DuPont
qui s'est déjà emparé du fragment du Scion, elle
l'affronte alors pour la dernière fois et récupère
le fragment. C'est ensuite dans la salle du
sarcophage qu'elle lit sur le mur quelques
hiéroglyphes : « Ci-gît,
Tihocan, un des deux souverains justes de
l'Atlantide, qui même après le malheur de ce
continent, tentèrent de régner encore sur ces terres
désolées. Mort sans un héritier, sans savoir n'a
point d'héritage. Veillez sur nous, Tihocan. »
En sortant du tombeau,
Lara assemble les deux fragments du Scion : une
vision lui apparaît, elle est projetée dans un autre
univers. Une cité avec une pyramide, devant trois
silhouettes : les trois fragments du Scion réunis,
puis une des trois silhouettes pose quelque chose de
brillants (le Scion complet ?), ce qui semble
réveiller d'étranges créatures. Cette silhouette se
voit attachée, et dépossédée de son fragment qui est
alors jeté, une comète grossit et s'écrase, des gens
meurent. Le dernier fragment du Scion atterrit dans
un canyon, en Égypte. Lara enfourche sa moto et se
rend là-bas.
Lara arrive au canyon et
s'introduit dans la cité de Khamoon, elle doit faire
face à des panthères, des crocodiles, et des momies
agitées ! Elle parvient à atteindre l'Obélisque de
Khamoon où sont placés les quatre reliques lui
permettant d'entrer dans le sanctuaire du Scion,
elle les arrache et les place sur le petit obélisque
de la cité afin d'ouvrir le sanctuaire du Scion où
Larson l'attend une nouvelle fois. Elle l'élimine
une bonne fois pour toute, et s'empare du dernier
fragment du Scion. Elle sort du sanctuaire, aveuglée
par la lumière, elle tombe dans l'embuscade de Natla
et ses hommes qui lui prennent le Scion, au complet.
Natla ordonne à ses hommes de tuer Lara, mais
celle-ci parvient à se jeter dans la rivière. Les
mercenaires la croyant morte repartent en voiture,
pendant que Lara les suit avec sa moto. A l'aide
d'une jolie cascade, elle grimpe à bord du bateau de
Natla qui part tranquillement, avant de tomber de
fatigue dans la cale. A son réveil, le bateau est
stoppé près d'une île, et Natla ordonne à ses hommes
de descendre un canot. Lara sort et plonge.
Lara est désarmée sur
l'île de l'Atlantide. Elle nage, elle court, elles
saute et finit par retrouver ses 9mm ! Elle affronte
le Cow-Boy, le Skateur, et Kold, les hommes de mains
de Natla, puis parvient à entrer dans la pyramide
atlante où cela se complique un peu : elle doit
maintenant se débarrasser de toutes les créatures
qui s'y trouvent, tout en montant d'étage en étage
le puits central afin de rejoindre le Scion. Quand
elle veut s'en emparer, une nouvelle vision lui
apparaît : Natla se révèle être souveraine de
l'Atlantide aux côtés de Tihocan et de Qualopec,
elle les a trahit et s'est servi des pouvoirs de
l'Atlantide pour créer une nouvelle génération
supérieure aux humains, dans le but d'anéantir le
monde. Elle est alors jugée par ses frères qui la
condamne pour l'éternité à être enfermée dans une
prison de glace qui sera détruite en 1945 par des
essais nucléaires (début du jeu). Quand Lara revient
à elle, Natla surgit et lui explique qu'il est
maintenant trop tard pour stopper le mécanisme de
création, Lara veut alors détruire le Scion (le cœur
de l'opération) mais Natla l'en empêche et se jette
avec elle dans le puits central. Lara parvient à se
rattraper à une plate-forme tandis que Natla
poursuit sa chute au fond du puits.
